När flickorna söker hjälp är det ofta för annat än de primära svårigheter som utmärker Aspergers syndrom. De söker i stället för till exempel depression, accelererande skolproblem eller relationsproblem i familjen. Dessa problem kan delvis ses som konsekvenser av att flickorna inte fått rätt stöd och hjälp. I mellan- och högstadiet är det vanligt att flickorna helt eller delvis uteblir från skolan.

Ett skäl till att det är svårare att urskilja flickors problematik vid Aspergers syndrom kan vara att de kriterier som används vid diagnostik är utformade för att beskriva pojkars svårigheter. Ett annat kan vara att flickorna under lågstadietiden ofta blir omhändertagna av snälla flickkompisar som fungerar som hjälpjag.

Det verkar också som att flickor med Aspergers syndrom har bättre förmåga än pojkar att imitera andras beteende. De lär sig att spela sociala roller så att de ter sig mer socialt kompetenta än de i verkligheten är.

Ytterligare ett problem vid diagnostisering är att flickornas beteende kan vara olika i skolan respektive i hemmet. De klarar med ansträngning att hålla ihop sig i skolan och blir mycket trötta. När de kommer hem är förmågan att ta motgångar låg, vilket kan leda till utbrott. De ger sig ibland på andra familjemedlemmar fysiskt, ett beteende som annars är ganska ovanligt för flickor.

Många flickor med Aspergers syndrom beskrivs som extremt kravundvikande och kan försöka komma ur situationen genom att prata om annat. Att klaga över olika mindre krämpor kan också vara ett sätt att slippa krav. Svårigheter med att välja och fatta beslut är också vanligt. Detta kan leda till att man blir handlingsförlamad i ganska enkla vardagliga situationer, som till exempel att komma i väg till skolan, för att man inte kan välja vad man ska ta på sig.

De flesta flickor med Aspergers syndrom har specialintressen precis som pojkar med Aspergers syndrom, även om flickornas intressen inte behöver vara lika uttalade. Inriktningen på intressena kan också vara mindre udda och mer flickaktiga till exempel djur, hästar, folkgruppers kulturer, "såpoperor" eller seriefigurer.

Personer med Aspergers syndrom har ofta en ojämn utveckling. Många ligger begåvningsmässigt bra till medan den känslomässiga mognaden tar längre tid. Förmågan att klara vardagliga aktiviteter är i allmänhet nedsatt. Det kan gälla bordsskick, personlig hygien, att passa tider, orientera sig lokalmässigt eller ta personligt ansvar på en nivå som är rimlig för åldern.

Många flickor med Aspergers syndrom har tilläggssvårigheter. Depression är mycket vanligt och många har adhd. De kan ha svårt med impulskontroll, att koncentrera sig och ha en allt för hög eller låg aktivitetsnivå. Somliga flickor med Aspergers syndrom pratar enbart i vissa miljöer eller sammanhang och/eller bara med utvalda personer. Ibland får de diagnosen selektiv mutism, vilket kan göra att deras autistiska svårigheter ej uppmärksammas. En del flickor har så stora problem med mat och ätande att deras beteende kan kallas anorektiskt. Det är mycket vanligt med störd dygnsrytm och sömnsvårigheter, framförallt i tonåren. Att man plågas av tvångsbeteenden och tvångstankar är vanligt. Dessa kan till exempel ta sig uttryck i ett behov av att ständigt börja om från början eller överdriven oro för smitta eller sjukdom."